三方协议毁约违约金的数额由协议双方协商确定，并应遵循《中华人民共和国民法典》的相关规定，确保违约金的设定既公平又合法。具体分析如下：

一. 违约金数额的确定

1. 协商确定：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。因此，三方协议中的违约金数额首先应由毕业生、用人单位及学校三方通过协商确定。
2. 法律限制：虽然违约金数额由协商确定，但并非可以随意设定。法律规定，约定的违约金应与实际损失相符，若违约金低于损失，法院或仲裁机构可增加；若过高，则可适当减少。因此，违约金的设定应合理反映违约行为可能造成的损失，且不应过分高于或低于该损失。

二. 违约金数额的常见问题

1. 常见范围：在实践中，三方协议中的违约金数额通常介于几千元至万元之间，其中5000元左右较为常见。但具体数额仍需根据协议双方的具体情况和违约行为的性质来确定。
2. 调整可能性：如果实际损失与约定的违约金存在显著差异，当事人有权向仲裁机构或人民法院提出申请，请求调整违约金的数额。

三. 实际案例与参考

• 在实际案例中，违约金的数额各不相同，既有固定数额的约定，也有按损失比例计算的约定。法院在审理此类案件时，会根据具体情况对违约金数额进行调整，以确保其合理性。

我建议：在签订三方协议时，应充分协商并明确约定违约金的数额或计算方法，确保协议的公平性和合法性。同时，违约金的数额应合理设定，既要能够弥补守约方的损失，又要避免过分高于该损失而引发法律纠纷。如果出现违约情况且认为约定的违约金数额不合理，一方有权向法院申请调整。