在网贷被起诉并协商还款后，您应当向贷款机构或债权人申请结清证明。以下是详细步骤和法律依据：

一. 向贷款机构或债权人提出申请

1. 联系贷款机构或债权人：首先，您需要与贷款机构或债权人取得联系，明确表达您希望申请结清证明的意愿。这可以通过电话、邮件或书面信函等方式进行。
2. 提交还款凭证：在提出申请时，您应当提供已经还款的相关凭证，如银行转账记录、收据等，以证明您已经按照协商的还款计划完成了全部还款。

二. 贷款机构或债权人出具结清证明

1. 核实还款情况：贷款机构或债权人在收到您的申请和还款凭证后，会进行核实，确认您是否已经全部还清了贷款。
2. 出具结清证明：如果核实无误，贷款机构或债权人应当向您出具结清证明。该证明通常会明确载明您已经结清了与贷款机构或债权人之间的全部债务。

三. 法律依据

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人在履行完债务后，有权要求债权人出具债务已经履行的证明。这为您申请结清证明提供了法律依据。

四. 后续建议

• 在获得结清证明后，建议您妥善保管该证明，以备将来可能需要的证明或纠纷解决之用。
• 如果贷款机构或债权人拒绝出具结清证明，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，例如向法院提起诉讼或向相关监管部门投诉。

我的观点：申请结清证明是确保您已经履行完还款义务并保护自身权益的重要步骤。因此，在网贷被起诉并协商还款后，务必及时向贷款机构或债权人申请结清证明，并妥善保管该证明。如有进一步需要，您可以继续咨询我。