巡察组有权对有限公司的账目进行查处。以下是具体的分析：

一. 巡察组的职责与权限

• 巡察组作为党内监督机构，其职责包括对党组织和党员领导干部履行职责、行使权力情况进行监督，受理群众举报，发现并纠正存在的问题。
• 在本案例中，杭州市拱墅区委第三巡察组进驻拱墅区委宣传部开展巡察，正是履行其监督职责的体现。

二. 对有限公司账目的查处

• 有限公司作为经济组织，其财务活动应受到法律和社会的监督。
• 巡察组在清查盘点国有企业杭州金德胜广告设计有限公司资产时，发现异常资金往来，并进而对账目进行查处，这是其监督职责的延伸和具体化。
• 通过查处账目，巡察组发现了张颖利用职务便利挪用公款的问题，体现了巡察组对有限公司账目进行查处的有效性和必要性。

三. 法律依据与实践

• 虽然直接关于巡察组查处有限公司账目的具体法律依据未在提供的资料中明确列出，但巡察组的监督职责和权限在党内相关法规中有明确规定。
• 实践中，巡察组对党组织和党员领导干部的监督是全方位的，包括对其管理或参与的经济活动的监督。
• 因此，巡察组对有限公司账目的查处，可以视为其监督职责在经济活动领域的具体运用。

综上所述，巡察组有权对有限公司的账目进行查处，这是其监督职责的应有之义。通过查处账目，巡察组能够发现并纠正存在的问题，促进党风廉政建设和反腐败斗争的深入开展。