年终奖分两次发放的情况下，计算赔偿金应基于劳动者应得而未得的年终奖总额来进行。具体分析如下：

一. 年终奖属于劳动报酬的组成部分

• 根据《中华人民共和国劳动法》第四十六条，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。年终奖作为劳动者劳动报酬的一部分，其发放应遵循劳动法的规定。

二. 赔偿金的计算依据

• 年终奖分两次发放，若劳动者在年终奖完全发放前离职，且离职原因符合获得经济补偿的条件（如用人单位未续签劳动合同等），则劳动者有权要求用人单位支付应得而未得的年终奖作为赔偿金的一部分。
• 赔偿金的计算应基于劳动者应得而未得的年终奖总额，而不是已经发放的部分。即，若年终奖总额为X，已发放部分为Y，则未发放部分为X-Y，这部分应计入赔偿金。

三. 具体计算方式

• 假设劳动者应得的年终奖总额为X元，已发放Y元，未发放Z元（Z=X-Y）。
• 若劳动者因用人单位原因离职且符合经济补偿条件，则赔偿金中应包含这部分未发放的年终奖Z元。

四. 实际案例

• 例如，劳动者A的年终奖总额为12000元，分两次发放，每次6000元。若A在第一次发放后、第二次发放前因用人单位未续签劳动合同而离职，且符合经济补偿条件，则A有权要求用人单位支付剩余的6000元年终奖作为赔偿金的一部分。

我建议，在计算赔偿金时，劳动者应确保自己应得的年终奖总额和已发放部分清晰明确，并据此计算未发放部分。若与用人单位就赔偿金问题存在争议，可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。如有进一步需要，您可以继续咨询我。