针对您提出的“贪污农业补偿款5万元怎么判”的问题，以下是我根据相关法律和司法解释为您提供的详细解答：
首先，根据《刑法》以及《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》的相关规定，贪污或者受贿数额在三万元以上不满二十万元的，应当认定为“数额较大”，并依法判处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。因此，从数额上来看，贪污5万元属于这一范畴。
然而，在具体的量刑过程中，法院会综合考虑多种因素，包括但不限于犯罪情节、危害后果以及被告人的认罪态度等。具体来说：
犯罪情节：如果贪污行为涉及特定的情节，如贪污救灾、抢险等特定款物，或者贪污行为导致了特别严重的后果，即使数额只有5万元，也可能面临更重的刑罚，即三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
危害后果：法院会评估贪污行为对单位、社会或者国家造成的实际危害。例如，如果贪污行为导致了单位资金运转困难，或者对农业补偿款的发放产生了严重影响，这些都可能被视为危害后果较重的情节，从而影响量刑。
认罪态度：被告人的认罪态度也是量刑时考虑的重要因素。如果被告人能够如实供述犯罪事实，积极配合调查，表现出较好的认罪态度，可能会得到从轻处罚。相反，如果被告人拒不认罪或者试图逃避法律责任，可能会面临更重的刑罚。
综上所述，贪污农业补偿款5万元的具体量刑结果需要根据案件的实际情况来确定。如果案件情节较轻，且被告人认罪态度较好，可能会判处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；但如果案件情节严重，或者被告人认罪态度较差，可能会面临更重的刑罚。因此，建议您在面对类似问题时，及时咨询专业律师，以便更准确地了解可能面临的法律后果。