建设工程项目消防验收未通过却违规投入使用的，将依据《建设工程质量管理条例》第五十八条进行处罚。具体分析如下：

一. 法规依据

• 《建设工程质量管理条例》第十六条规定，建设工程竣工验收应当具备包括消防验收在内的多项条件，经验收合格后，方可交付使用。
• 同条例的第五十八条明确指出，建设单位若未组织竣工验收（含消防验收），擅自交付使用的，将面临责令改正及处工程合同价款2%以上4%以下的罚款；若造成损失，还需依法承担赔偿责任。

二. 具体处罚

• 责令改正：即要求建设单位立即停止违规使用，并按照相关规定进行整改，直至满足所有竣工验收条件，包括消防验收合格。
• 罚款：根据违规情节的严重程度，建设单位将被处以工程合同价款2%至4%的罚款。这是一项经济处罚，旨在惩戒违规行为，并促使建设单位遵守相关法律法规。
• 赔偿责任：若因违规投入使用导致损失，建设单位还需依法承担赔偿责任，包括但不限于对受损方进行经济赔偿。

三. 实际案例

• 例如，某商业综合体在消防验收未通过的情况下擅自投入使用，后被相关部门查处。根据《建设工程质量管理条例》的相关规定，该商业综合体被责令立即停止使用，并进行整改；同时，建设单位被处以工程合同价款3%的罚款，并需对因此造成的经济损失进行赔偿。

综上所述，建设工程项目消防验收未通过却违规投入使用的，将面临责令改正、罚款以及可能的经济赔偿责任。因此，我建议建设单位在建设项目竣工后，应严格按照相关法律法规进行验收，确保所有条件均满足要求后再投入使用，以避免不必要的法律风险和经济损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。