长年在一起并不能直接决定亲子关系的存在与否，亲子鉴定不匹配则表明不存在生物学上的亲子关系。针对您提到的情况，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 亲子鉴定的法律效力

1. 鉴定结果的权威性：亲子鉴定是通过科学的手段，如DNA检测，来确定两个人之间是否存在生物学上的亲子关系。如果两次亲子鉴定结果都不匹配，那么可以基本确定被鉴定双方不存在生物学上的亲子关系。
2. 法律上的认定：在大多数情况下，亲子鉴定结果在法律上具有很高的证明力。如果亲子鉴定是在有资质的鉴定机构进行的，且鉴定过程符合相关法律法规的规定，那么鉴定结果通常会被法院采纳作为认定亲子关系的依据。

二. 亲子关系与共同生活的关系

1. 亲子关系的本质：亲子关系是基于生物学上的血缘关系而建立的，与是否共同生活、共同生活的时间长短无关。即使两个人长年生活在一起，如果没有生物学上的血缘关系，那么他们也不能被视为亲子关系。
2. 共同生活的影响：虽然共同生活可能会形成深厚的感情和依赖关系，但这并不能改变生物学上的事实。如果亲子鉴定结果不匹配，那么这种共同生活的关系并不能转化为法律上的亲子关系。

三. 后续的法律建议

1. 确认鉴定结果的准确性：虽然两次亲子鉴定结果都不匹配，但为了确保万无一失，您可以考虑再次进行亲子鉴定，或者咨询专业的鉴定机构对之前的鉴定结果进行复核。
2. 处理相关法律问题：如果亲子鉴定结果确实不匹配，且涉及到抚养、继承等法律问题，建议您及时咨询专业律师，以便根据您的具体情况提供针对性的法律建议。

综上所述，长年在一起并不能改变亲子鉴定的结果。如果两次亲子鉴定都不匹配，那么可以基本确定被鉴定双方不存在生物学上的亲子关系。如有进一步需要，您可以继续咨询我。