运输毒品的车辆通常会根据车辆与犯罪的关系及车主的知情情况来判决是否没收。以下是详细分析：

1. 作为犯罪工具且车主明知：

   • 情形描述：若车辆被专门用于运输毒品，或车主明知他人利用其车辆进行毒品运输仍提供，该车辆将被视为犯罪工具。
   • 法律依据：根据《刑法》第六十四条，供犯罪所用的本人财物应当予以没收。
   • 判决结果：车辆会被依法没收，通常上缴国库或进行拍卖、报废处理。

2. 车主不知情：

   • 情形描述：若车主对车辆被用于运输毒品并不知情，且车辆并非专门或主要用于运输毒品。
   • 判决结果：车辆通常不会被没收，而是会作为证据被扣押，待案件侦查结束后返还给车主。

3. 特殊情况处理：

   • 对于多人共有的车辆，若其中一人使用车辆运输毒品而其他共有人并不知情且未参与犯罪，一般不会直接没收整个车辆，而是根据具体情况对涉及犯罪的份额进行相应处置。
   • 若车辆涉及抵押、租赁等情况，处理时需考虑抵押权人、出租人等第三方的合法权益。

综上所述，运输毒品的车辆判决主要依据车辆与犯罪的关系及车主的知情情况。若车辆被认定为犯罪工具且车主明知，将被依法没收；若车主不知情或车辆并非专门用于运输毒品，则通常不会被没收。在处理过程中，还需考虑特殊情况及第三方的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。