胎儿亲子鉴定主要检查的是孕妇和胎儿之间的遗传物质，以确认亲子关系。具体来说：

一. 检查项目

1. DNA提取：从孕妇的羊水、绒毛或静脉血中提取胎儿的DNA样本，同时提取疑似父亲的DNA样本（如血液、毛发、口腔拭子等）以及母亲的DNA样本作为对照。

2. PCR扩增：利用聚合酶链反应（PCR）技术对提取的DNA样本进行扩增，以便获得足够数量的DNA片段进行后续分析。

3. STR分型：通过特定引物对扩增后的DNA片段进行特异性位点（STR位点）的分型，这些位点具有高度的遗传多态性，能够在个体间产生独特的DNA指纹。

4. 数据分析：将分型结果输入专业的数据库进行比对分析，计算胎儿与疑似父亲之间的亲权指数，从而判断亲子关系的存在与否。

5. 结果报告：根据数据分析结果，出具亲子鉴定报告，明确给出亲子关系的结论。

二. 注意事项

• 胎儿亲子鉴定是一项专业的医学检测，需要在具有相关资质的医疗机构或鉴定中心进行。
• 鉴定过程中需要严格遵循相关法律法规和伦理规范，确保鉴定结果的准确性和公正性。
• 鉴定结果仅供法律参考，不能作为唯一依据，具体法律效力需根据当地法律法规和实际情况确定。

综上所述，胎儿亲子鉴定主要检查的是孕妇和胎儿之间的遗传物质，通过一系列专业的检测流程来确认亲子关系。如有进一步需要，您可以继续咨询我。