磋商可以收取代理费。具体分析如下：

一. 磋商代理费的收取

1. 代理费的存在：在磋商过程中，采购代理机构为采购人提供代理服务，通常会收取一定的代理费。这一点在提供的公示信息中也有所体现，如“本项目代理费收费标准按《江西省网上中介服务超市中选中介服务机构通知书》”以及“本项目代理费总金额”等表述，均说明了代理费的存在。
2. 代理费的金额与标准：代理费的金额和收费标准通常会在磋商文件或相关公告中明确。例如，在某些公示中，会详细列出代理费的收费标准和总金额，这些费用通常是依据相关规定或市场惯例来确定的。

二. 实例说明

• 以提供的江西行知项目管理有限公司关于于都县农业农村局的项目为例，该项目明确列出了代理费的收费标准和总金额，说明在该项目的磋商过程中，确实收取了代理费。

综上所述，磋商过程中可以收取代理费，且代理费的金额和收费标准通常会在相关文件或公告中明确。如有进一步需要，您可以继续咨询我。