知识产权海关保护的第三人制度是指，在海关发现进出口货物涉嫌侵犯知识产权时，除了知识产权权利人和收货人、发货人之外，与案件有利害关系的第三方也可以参与相关程序的制度。具体分析如下：

一. 制度概述

• 根据《知识产权海关保护条例》的相关规定，知识产权海关保护程序中，除了知识产权权利人和收发货人之外，还涉及到与案件有利害关系的第三方，即第三人。
• 第三人制度的设计，旨在保障与案件有利害关系的第三方的合法权益，确保海关保护程序的公正性和全面性。

二. 第三人的权利与义务

1. 权利：

    - 第三人有权了解海关保护程序的进展情况。
    - 如果认为海关扣留的货物不侵犯知识产权，第三人有权向海关提出异议，并提供相关证据。
   

2. 义务：

    - 第三人在参与海关保护程序时，应当遵守相关法律法规，不得提供虚假信息或误导性陈述。
    - 第三人如果提出异议，需要承担相应的举证责任，证明其主张的合理性。
   

三. 第三人的参与程序

• 当海关发现进出口货物涉嫌侵犯知识产权并启动保护程序时，会通知知识产权权利人和收发货人。同时，如果海关认为有必要，也会通知与案件有利害关系的第三方参与程序。
• 第三人在收到海关通知后，可以按照规定的程序和要求，向海关提交相关证据和材料，参与海关保护程序的审理和决策过程。

四. 实例说明

• 假设某公司A从国外进口一批货物，海关在查验时发现其中部分货物涉嫌侵犯某知识产权权利人的专利权。此时，除了权利人和公司A之外，如果另一家公司B认为该批货物中的某些产品是其合法生产的，不侵犯任何知识产权，那么B公司就可以作为第三人参与海关保护程序，向海关提出异议并提供相关证据。

综上所述，知识产权海关保护的第三人制度是一项重要的制度设计，它有助于保障与案件有利害关系的第三方的合法权益，确保海关保护程序的公正性和全面性。在实际操作中，第三人应当充分了解自己的权利和义务，积极参与海关保护程序，以维护自身的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。