提升职务犯罪认罪认罚适用率，需要从多方面综合施策，以确保认罪认罚制度在职务犯罪案件中的有效适用。

一. 加强组织领导与统筹谋划

1. 检察长亲自部署：检察长应亲自安排部署，全院整体推进，形成“一盘棋”的思想，确保认罪认罚制度在职务犯罪案件中得到全面、有效的实施。
2. 纳入绩效考核：将认罪认罚适用情况纳入检察人员绩效考核范围，作为年底评先评优的依据，激励检察人员积极提高认罪认罚适用率。

二. 强化提前介入与证据扎实

1. 提前介入案件：对于部分案情复杂、事实不清、证据存在瑕疵或不足的职务犯罪案件，要做好提前介入工作，引导侦查机关把证据做扎实，防止案件“带病”进入审查起诉阶段。
2. 确保有效指控：通过提前介入，切断犯罪嫌疑人企图不认罪而逃避法律制裁的退路，使嫌疑人在事实和法律面前不得不认罪，从而提高认罪认罚适用率。

三. 加强释法说理与沟通协商

1. 充分宣传认罪认罚制度：向犯罪嫌疑人充分宣传认罪认罚制度的含义和后果，使其了解认罪认罚的法律意义，促进犯罪嫌疑人主动认罪认罚。
2. 耐心释法说理：针对部分犯罪嫌疑人因法律知识薄弱、罪名认识不清而不认罪或不同意量刑建议的情况，从法律、情理方面耐心细致进行释法说理，与犯罪嫌疑人进行充分的协商、沟通、交流。
3. 明确法律后果：向犯罪嫌疑人明确告知其认罪认罚的法律后果及相似罪名、情节拒不认罪认罚的案件的相关生效判例对比，促其自发、自愿认罪认罚。

四. 转变执法理念与强化沟通

1. 转变执法理念：通过重申理念和多种形式的学习、培训，让员额检察官深入认识到认罪认罚制度的必要性和现实意义，积极转变执法理念。
2. 强化与法院沟通：强化与法院的沟通协调，进一步提高量刑建议的科学性、准确性，确保认罪认罚制度在职务犯罪案件中的有效实施。

我建议，在提升职务犯罪认罪认罚适用率的过程中，应注重保护犯罪嫌疑人的合法权益，确保认罪认罚的自愿性、真实性和合法性。同时，还应加强对检察人员的培训和教育，提高其业务素质和执法能力，为认罪认罚制度的全面实施提供有力保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。