摩托车按照导航走隧道可能违法，关键在于导航是否设置了正确的车辆类型以及隧道是否允许摩托车通行。具体分析如下：

一. 导航设置与车辆类型的关系

1. 导航的重要性：在现代出行中，导航已成为不可或缺的辅助工具，它能帮助驾驶者规划路线、避免拥堵。
2. 车辆类型选择：导航软件通常提供多种车辆类型选项，如小型客车、货车、摩托车等。选择正确的车辆类型对于规划符合交通法规的路线至关重要。
3. 本案情况：本案中，三位摩托车主误用了小型客车导航线路，导致驶入了禁止摩托车通行的鱼梁洲隧道。

二. 隧道通行规定

1. 隧道限制：并非所有隧道都允许所有类型的车辆通行。某些隧道可能因安全、设计或其他原因而禁止特定类型的车辆，如摩托车。
2. 本案中的隧道规定：鱼梁洲隧道明确禁止摩托车通行，这是由隧道的特定设计或安全考虑所决定的。

三. 法律后果

1. 违反禁令标志：根据交通法规，违反禁令标志指示是违法行为。本案中，三位摩托车主因擅闯隧道而违反了禁令标志指示。
2. 处罚措施：警方对三人分别处以罚款100元、驾驶证记1分的处罚。这是对他们违法行为的直接法律后果。

综上所述，摩托车按照导航走隧道是否违法，取决于导航是否设置了正确的车辆类型以及隧道是否允许摩托车通行。在本案中，由于摩托车主误用了小型客车导航线路，并驶入了禁止摩托车通行的隧道，因此他们的行为构成了违法。我建议摩托车驾驶者在出行时，务必选择正确的车辆类型进行导航，并留意隧道的通行规定，以避免类似的违法行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。