医师执业逾期半年，经医院挂靠协商同意重新注册，行政部门是否会通过，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

一. 医师执业注册的相关规定

根据《医师执业注册管理办法》及《中华人民共和国执业医师法》的相关规定，取得医师资格的，可以向所在地县级以上人民政府卫生行政部门申请注册。除非有规定的不予注册的情形，受理申请的卫生行政部门应当在收到申请之日起三十日内，准予注册，并颁发由国务院卫生行政部门统一印制的医师执业证书。

二. 逾期注册的情况处理

1. 逾期注册的要求：如果医师在取得资格后的两年内未注册，被视为中断执业。此时，医师需要提交一些额外的材料来重新注册，包括但不限于在省级以上卫生行政部门指定的机构接受六个月的三甲医院进修证明及最终的考核合格证明。

2. 重新注册所需材料：除了基本的注册材料（如医师执业注册申请审核表、照片、医师资格证书、健康体检表、身份证明、拟聘用证明等），逾期注册的医师还需提交医师重新注册申请审核表和业务水平考核结果证明。

三. 行政部门的审核标准

行政部门在审核重新注册申请时，会综合考虑医师的资质、进修证明、考核合格证明以及是否存在不予注册的情形（如不具有完全民事行为能力、接受过相关刑事处罚且未满两年、因不良行为接受行政处罚且未满两年等）。

四. 医院挂靠协商的影响

虽然医院挂靠协商同意是重新注册的一个积极因素，但行政部门的审核并不完全依赖于医院的意见。行政部门会依据相关法律法规和规定，对医师的资质和条件进行独立审查。

我的观点：如果医师在逾期注册后，能够按照要求提交完整的材料，包括进修证明和考核合格证明，并且不存在不予注册的情形，那么行政部门有可能会通过其重新注册的申请。但具体结果还需根据行政部门的审核标准和实际情况来判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。