若一百万工程款发生纠纷，需缴纳的诉讼费用为13800元。具体计算方式如下：

根据《诉讼费用交纳办法》第十三条第一款的规定，案件受理费分别按照下列标准交纳：

• （一）财产案件根据诉讼请求的金额或者价额，按照下列比例分段累计交纳：
  1. 不超过1万元的，每件交纳50元；
  2. 超过1万元至10万元的部分，按照2.5％交纳；
  3. 超过10万元至20万元的部分，按照2％交纳；
  4. 超过20万元至50万元的部分，按照1.5％交纳；
  5. 超过50万元至100万元的部分，按照1％交纳；
  6. 超过100万元至200万元的部分，按照0.9％交纳；
  7. …（后续比例略）

本案中，诉讼请求金额为100万元，因此：

• 1万元至10万元的部分：9万元 × 2.5% = 2250元
• 10万元至20万元的部分：10万元 × 2% = 2000元
• 20万元至50万元的部分：30万元 × 1.5% = 4500元
• 50万元至100万元的部分：50万元 × 1% = 5000元
• 将上述各部分相加，再加上基础费用50元，得到：2250 + 2000 + 4500 + 5000 + 50 = 13800元

所以，针对一百万的工程款纠纷，需缴纳的诉讼费用为13800元。如有进一步需要，您可以继续咨询我。