亲子鉴定不能鉴定姑姑和侄子的关系。具体分析如下：

一. 亲子鉴定与亲缘鉴定的区别

1. 亲子鉴定：主要是鉴定父母与子女之间的血缘关系。它可以分为两种类型：一种是需要有司法效力，如打官司、移民、上户口等；另一种只是想了解结果，并不涉及司法用途。
2. 亲缘鉴定：则是除亲子鉴定外的家族血缘鉴定，比如鉴定爷孙关系、叔侄关系、外祖母与外孙女的关系等。在没有父母的情况下，也可以鉴定同胞兄弟姐妹的关系。

二. 姑姑与侄子的关系鉴定

• 姑姑与侄子的关系并不属于亲子关系，而是属于亲缘关系中的一种。因此，亲子鉴定并不能用于鉴定姑姑和侄子的关系。如果需要鉴定姑姑和侄子的关系，应该选择进行DNA亲缘鉴定。

三. 法律依据

• 根据相关法律规定，如《中华人民共和国户口登记条例》等，虽然涉及户口变动、变更或更正的内容，但并未直接规定亲子鉴定或亲缘鉴定的具体范围和适用对象。这些条例主要是关于户口管理的规定，与亲子鉴定或亲缘鉴定的技术层面无直接关联。

综上所述，亲子鉴定不能用于鉴定姑姑和侄子的关系，如果需要此类鉴定，应选择DNA亲缘鉴定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。