亲子鉴定中，如果儿子发生基因突变，应首先确认突变是否属于正常范围内的遗传变异，同时结合亲子鉴定的科学方法综合判定亲子关系。以下是详细分析：

一. 基因突变的理解

1. 正常现象：基因突变是生物进化的基础，也是人类遗传变异的正常现象。在亲子鉴定中，即使发现孩子某个基因位点与父母不同，也不一定意味着非亲生关系，而可能是正常的遗传变异。
2. 鉴定考虑：在进行亲子鉴定时，鉴定机构会综合考虑多个基因位点，以及这些位点上的遗传信息，来综合判断亲子关系的可能性。

二. 亲子鉴定的科学方法

1. STR分型技术：当前亲子鉴定主要采用STR分型技术，该技术通过检测多个基因位点上的遗传信息，来判定亲子关系的可能性。这些位点上的遗传信息具有高度的多态性，即每个人在这些位点上的遗传信息都是独一无二的。
2. 综合判定：鉴定机构会对比孩子和父母的STR分型结果，计算亲权指数等参数，来综合判断亲子关系的可能性。如果某个基因位点发生突变，鉴定机构会结合其他位点的信息，以及突变的频率和类型等因素，来综合评估该突变对亲子关系判定的影响。

三. 处理建议

1. 确认突变类型：如果亲子鉴定中发现儿子基因突变，首先应确认该突变是否属于正常范围内的遗传变异。如果突变类型罕见，且对亲子关系判定产生重大影响，可能需要进一步的研究和确认。
2. 综合判定亲子关系：结合亲子鉴定的科学方法，以及多个基因位点上的遗传信息，综合判定亲子关系的可能性。如果亲子关系判定结果仍然存疑，可以考虑增加检测基因位点的数量，或者采用其他更先进的亲子鉴定技术来进一步确认。

我的观点：亲子鉴定中儿子基因突变并不一定意味着非亲生关系，而可能是正常的遗传变异。应首先确认突变类型，并结合亲子鉴定的科学方法综合判定亲子关系。如有进一步需要，您可以继续咨询我。