新生儿在住院期间理论上可以做亲子鉴定，但实际操作需考虑多种因素。

一. 亲子鉴定的法律与实际操作

1. 法律层面：亲子鉴定在法律上并没有明确限制必须在特定时间或地点进行。因此，从法律角度讲，新生儿在住院期间进行亲子鉴定并无直接障碍。
2. 实际操作：然而，在实际操作中，是否能在住院期间进行亲子鉴定需考虑医院的具体规定、新生儿的健康状况以及鉴定机构的可行性。例如，有些医院可能不允许在住院期间进行非医疗必要的鉴定，或者新生儿因健康问题无法配合鉴定过程。

二. 相关法律依据的缺失

• 在你提供的法律依据中，并未直接涉及亲子鉴定的具体规定，特别是关于新生儿在住院期间能否进行亲子鉴定的条款。因此，此问题的解答更多依赖于实际操作层面的考虑和医学、法学原理的综合运用。

三. 综合考虑与建议

• 我建议，如果你有意在新生儿住院期间进行亲子鉴定，应首先咨询医院的相关部门，了解医院的具体政策和程序。
• 同时，也需联系专业的亲子鉴定机构，确认他们是否能在医院环境下进行鉴定，以及鉴定过程中可能对新生儿造成的影响。
• 最重要的是，应确保鉴定过程不会对新生儿的健康造成任何不利影响。

综上所述，新生儿在住院期间理论上可以进行亲子鉴定，但实际操作需综合考虑医院政策、新生儿健康状况及鉴定机构的可行性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。