如果合作社代理人因知道非法集资后主动投案，其名下的资产，包括商店里的货物，是有可能被冻结的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关、人民检察院、人民法院在侦查、起诉、审判过程中，对于可能隐藏、转移、变卖、毁损的与犯罪有关的财物、文件，可以依法进行查封、扣押、冻结。
   • 在非法集资案件中，如果合作社代理人被认定涉嫌参与非法集资活动，其名下的资产，无论是个人的还是合作社的，只要与案件有关，都有可能被司法机关采取查封、扣押、冻结等强制措施。

2. 资产冻结的具体情况：

   • 资产范围：冻结的资产不仅限于现金和银行存款，还包括房产、车辆、股票、基金、货物等各种形式的财产。
   • 冻结程序：司法机关会依法对涉嫌非法的资产进行冻结，通常需要经过调查、取证、审批等一系列法律程序。
   • 冻结期限：冻结的期限会根据案件的具体情况和司法程序的需要而定，可能会持续一段时间，甚至可能直到案件审结。

3. 对商店货物的特别说明：

   • 如果商店里的货物是合作社代理人名下的财产，并且与非法集资案件有关，那么这些货物也有可能被冻结。
   • 冻结期间，货物可能会被司法机关查封，无法自由买卖或处置。

4. 主动投案的影响：

   • 主动投案是犯罪嫌疑人自首的一种表现，根据法律规定，自首的犯罪嫌疑人可以从轻或减轻处罚。
   • 但是，自首并不意味着可以逃避法律制裁或避免资产被冻结。司法机关仍然会根据案件的具体情况和法律规定，对涉嫌非法的资产采取相应的强制措施。

综上所述，合作社代理人因知道非法集资后主动投案，其名下的资产，包括商店里的货物，是有可能被冻结的。这取决于案件的具体情况和司法程序的需要。如果面临这种情况，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解自己的法律权益和应对策略。