海域使用权证由国务院海洋行政主管部门或地方人民政府办理。具体分析如下：

一. 海域使用权证的办理机关

• 根据《中华人民共和国海域使用管理法》第十九条：“海域使用申请经依法批准后，国务院批准用海的，由国务院海洋行政主管部门登记造册，向海域使用申请人颁发海域使用权证书；地方人民政府批准用海的，由地方人民政府登记造册，向海域使用申请人颁发海域使用权证书。”

二. 海域使用权证的取得

• 同上述法条规定，海域使用申请人自领取海域使用权证书之日起，取得海域使用权。

我建议在办理海域使用权证时，应首先明确用海项目是否需由国务院批准，还是由地方人民政府批准，并据此确定具体的办理机关。如有进一步需要，您可以继续咨询我。