诽谤罪被告人是公司时，是可以立案的。具体分析如下：

1. 诽谤罪的构成：

   • 诽谤罪指的是故意编造并散布虚构事实，足以贬低他人人格，破坏他人名誉，且情节严重的行为。对于公司而言，若有人恶意编造虚假信息，在公众场合或者通过网络等渠道传播，损害公司声誉，给公司带来重大经济损失或者其他严重后果，公司可向公安机关报案。

2. 立案标准：

   • 公安机关会依据具体情形审查，若符合立案标准，便会立案侦查。立案标准通常会考量虚假信息的传播范围、对公司造成的影响程度等因素。例如，传播范围广，致使公司商业信誉受损，业务量显著下降等，就可能达到情节严重的程度。

3. 证据收集：

   • 公司在遭遇诽谤时，应及时收集相关证据，如传播的内容、传播途径、造成的后果等，以便顺利推进案件处理。若员工发现有人对公司进行诽谤，应第一时间告知公司，由公司统一安排收集证据，为后续追究诽谤者责任做准备。

4. 法律后果：

   • 若诽谤行为构成犯罪，行为人将面临刑事处罚。同时，公司也可通过民事诉讼途径，要求行为人承担民事赔偿责任，以维护公司的合法权益。

综上所述，诽谤罪被告人是公司时，只要符合立案标准，公安机关是会立案侦查的。公司在遭遇诽谤时，应积极收集证据，并通过法律途径维护自身的合法权益。