企业登记为民政部门的民办非企业单位，将会面临一系列不符合法律法规要求的后果，可能导致其无法正常运营甚至被撤销登记。具体分析如下：

一. 企业的性质与民办非企业单位的性质不符

1. 企业的定义：企业通常是以营利为目的，进行生产经营活动的经济组织。
2. 民办非企业单位的定义：根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》第二条，民办非企业单位是指利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。

• 例如，一个企业如果原本是以营利为目的进行经营的，但错误地登记为民办非企业单位，那么其实际运营活动与登记性质将不符。

二. 法律后果

1. 可能面临处罚：由于企业的运营目的与民办非企业单位的性质不符，登记为民办非企业单位的企业可能因违反相关法律法规而面临处罚，如罚款、警告等。
2. 无法享受企业应有的政策优惠：企业作为营利性组织，通常能享受一系列税收、融资等政策优惠。但如果错误地登记为民办非企业单位，则可能无法享受这些优惠。
3. 可能被撤销登记：如果登记管理机关发现企业实际上并不符合民办非企业单位的性质，有权撤销其登记。

三. 实际运营中的问题

1. 运营受限：以民办非企业单位的身份进行运营，但实际上从事的是营利性活动，可能会在日常运营中遇到诸多限制和障碍。
2. 信誉受损：错误地登记为民办非企业单位可能会对企业的信誉造成负面影响，影响其与合作伙伴和客户的信任关系。

我建议：企业应确保自己的登记信息与实际运营性质相符。如果原本是企业却错误地登记为民办非企业单位，应尽快向登记管理机关申请更正登记信息，以避免可能的法律风险和运营问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。