申请公司执行，一般不可以直接执行实际控制人。下面我将从法律角度详细解释这一问题：
公司与实际控制人的法律地位：
- 公司是一个独立的法人实体，具有独立的财产权和责任能力。公司的债务应由公司自身承担，而不应直接追及到公司的实际控制人。
- 实际控制人虽然对公司有控制力，但并不意味着其要对公司的债务承担连带责任。除非有特定的法律规定或合同约定，否则不能随意将公司的债务转嫁给实际控制人。
执行程序中的相关规定：
- 在执行程序中，申请执行的主体应当是公司，而不是公司的实际控制人。执行法院会根据公司的财产状况来确定执行方案，而不会直接对实际控制人采取执行措施。
- 如果公司的财产不足以清偿债务，且存在实际控制人滥用公司法人独立地位和股东有限责任、逃避债务、严重损害公司债权人利益的情况，债权人可以依据相关法律规定，请求实际控制人对公司债务承担连带责任。但这需要通过法律程序进行认定，而不能直接在执行程序中予以执行。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如实际控制人存在违法行为（如挪用公司资金、侵占公司财产等），且这些行为导致了公司无法清偿债务，那么债权人可以通过法律途径追究实际控制人的责任，并要求其承担相应的赔偿责任。但这同样需要通过法律程序进行，而不能直接执行实际控制人。
综上所述，申请公司执行时，一般不可以直接执行实际控制人。如果公司的债务无法清偿，且存在实际控制人滥用公司法人独立地位和股东有限责任、逃避债务等情况，债权人可以通过法律途径追究实际控制人的责任。但在此之前，必须遵循法律程序，不能随意对实际控制人采取执行措施。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。