当案件追诉期内嫌疑人身份不明确时，司法机关会依据一系列程序和措施来处理这种情况，以确保法律的公正执行和案件的有效解决。

首先，对于身份不明的嫌疑人，司法机关会积极开展侦查工作，采取多种措施来尽力确定其身份。这些措施可能包括询问证人、调取监控录像、进行技术侦查等。只要司法机关一直在积极开展这些工作，并且采取了各类有效措施来追查嫌疑人，那么追诉期限就会中断。这意味着，即使嫌疑人逃匿多年，一旦其身份被查明，司法机关仍然可以继续追究其刑事责任，而不会受到追诉期限的限制。

然而，如果经过长时间、多方面的侦查，司法机关确实无法查明犯罪嫌疑人的身份，并且案件已经超过了法定的追诉期限，同时也没有新的线索或证据能够支撑重新启动侦查程序，那么在这种情况下，司法机关可能会决定不再对嫌疑人进行追诉。但值得注意的是，如果之后发现了新的关键线索，比如找到了新的目击证人、获得了新的物证等，能够确定嫌疑人的身份，司法机关仍然有权重新启动追诉程序。

另外，在处理身份不明的嫌疑人时，司法程序并不会因此停滞。公安机关在侦查阶段会依据现有的证据，如现场留下的物品、证人证言等，对嫌疑人涉嫌的犯罪行为展开侦查取证工作。当案件进入审查起诉阶段时，检察院会全面审查全案证据，判断是否达到起诉标准。即使嫌疑人身份不明，但只要证据确凿、充分，足以证明其实施了犯罪行为，检察院就会依法提起公诉。法院则会依据查明的事实和证据进行判决。

总的来说，司法机关在处理身份不明的嫌疑人时，会遵循法律程序和原则，确保案件的公正、公平和合法处理。同时，也会积极采取措施来尽力确定嫌疑人的身份，并依据事实和证据来做出相应的法律决策。