农业银行信用卡逾期5天会影响征信。一般来说，信用卡逾期5天也会留下不良记录，因为现在大部分银行都有为信用卡提供宽限期服务，但是大部分信用卡只有2-3天的宽限期（农业银行信用卡的宽限期为2天），持卡人在宽限期内将信用卡欠款还清才不算逾期，但是如果信用卡逾期时间已经达5天，那么通常已经超过了银行提供的宽限期，所以已经发生逾期行为，一旦信用卡逾期，银行就会将该逾期记录上传至央行征信系统中，对个人的财务健康和日常生活造成不便。

不过，也有一些特殊情况，比如少数银行的宽限期有5天，如建设银行的信用卡宽限期就有5天，另外中国银行的白金卡的宽限期有9天，所以如果持卡人手中的信用卡是这些特殊银行的，那么逾期5天后及时还款就不会造成负面影响。

为避免信用卡逾期影响个人信用，我建议持卡人：

1. 牢记还款日期，确保按时完成还款操作。
2. 如果面临还款困难，及时与银行沟通，尝试申请延期还款或分期还款服务。
3. 定期查询个人征信报告，及时发现并处理任何异常情况。

如果不幸已经逾期，可以采取以下补救措施：

1. 继续使用此卡：用新的正常的还款记录覆盖原有的负面记录，一般24个月后就会产生新的信用记录。
2. 千万不要跑路：长期逾期，信用卡会利滚利并且还有高额滞纳金，而且银行会认定为恶意透支和欠款，会报警。
3. 无力还款需及时说明：在最后还款期限到来之前，向银行陈述自己的经济状况，申明自己并非恶意欠款，可以申请延迟还款和利息优惠。
4. 最好全额还款并说明：发现逾期后一定要尽快全额还款，然后打电话给银行说明并非恶意欠款，请求消除逾期记录。

如果你还有其他关于信用卡逾期的问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。