结清证明应当由借款人出具，并由收款人确认。具体分析如下：

一. 结清证明的含义与目的

• 结清证明是在债务关系结束后，由借款人出具给收款人（通常是债权人）的一份书面证明，用以证明双方之间的债务已经结清，不存在任何未了结的债务关系。
• 此证明的目的是为了明确双方的权利义务，避免日后产生不必要的纠纷。

二. 结清证明的出具主体

• 借款人出具：因为借款人是债务关系的主体，负责偿还债务。当债务全部偿还完毕后，借款人应当主动出具结清证明，以证明其已经履行了还款义务。
• 收款人确认：虽然结清证明由借款人出具，但为了确保证明的真实性和有效性，收款人（债权人）应当在收到证明后进行确认，表明其认可债务已经结清。

三. 法律依据与实际操作

• 法律依据：虽然《中华人民共和国民法典》中并未直接规定结清证明的出具主体，但根据民法典中关于债务履行和合同终止的相关规定，借款人履行完还款义务后，有权要求收款人确认债务已经结清，并可以出具结清证明作为凭证。
• 实际操作：在实务中，结清证明通常由借款人制作并出具，然后交给收款人进行确认。如果收款人对证明内容无异议，会在证明上签字或盖章以示确认。

综上所述，结清证明应当由借款人出具，并由收款人确认。这样做既符合债务关系的本质，也符合实际操作中的惯例。如有进一步需要，您可以继续咨询我。