国有总公司的分公司受益所有人是总公司。具体分析如下：
法律依据：根据《公司法》的相关规定，分公司作为总公司的分支机构，在法律上不具有独立的法人资格，因此不具备独立承担民事责任的能力。分公司的经营活动及其产生的权利、义务和责任最终都归属于总公司。这意味着分公司在经营活动中所产生的收益实际上也归属于总公司。
经济实质：总公司对分公司拥有全面的控制权，包括人事、财务、经营决策等各个方面。分公司的经营活动是总公司整体战略的一部分，旨在实现总公司的经济利益最大化。因此，分公司的经营成果最终会体现在总公司的财务报表上，成为总公司的收益。
受益所有人的判断：在实际操作中，受益所有人是指最终拥有或实际控制备案主体，或者享有备案主体最终收益的自然人。对于分公司而言，其受益所有人即为总公司，因为总公司是最终享有分公司经营成果并承担相应责任的实体。
综上所述，国有总公司的分公司受益所有人是总公司。这一结论既符合法律依据，也符合经济实质和受益所有人的判断标准。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。