法院在特定情况下可以执行仍在修理厂未付款的车辆。以下是对此问题的详细分析：

一. 车辆所有权与抵押权的问题

1. 车辆所有权：若车辆为车主所有，且并未设置抵押或已被抵押权人同意，那么车主对车辆拥有完全的所有权。此时，若车主因其他债务被法院执行，车辆作为车主的财产，有可能被法院执行。
2. 抵押权优先：根据《中华人民共和国民法典》第三百九十四条，若车辆已抵押给债权人，且债务未履行，债权人有权就该财产优先受偿。这意味着，在债务未清偿前，抵押权人对车辆有优先执行权。

二. 修理厂与车主的债务关系

• 车辆在修理厂修理后未付款，这构成了车主与修理厂之间的债务关系。然而，这一债务关系并不直接影响车辆的所有权归属，也不直接决定法院能否执行该车辆。

三. 法院执行的条件

• 法院能否执行车辆，主要取决于车主是否因其他债务被法院判决执行，以及车辆是否已被抵押。若车主因其他债务被判决，且车辆未被抵押或抵押权人同意，法院有权执行该车辆以清偿债务。

四. 实际执行中的考量

• 在实际执行过程中，法院会综合考虑车辆的价值、车主的债务情况、车辆是否已被抵押等因素，决定是否执行车辆。同时，法院也会遵循法定程序，确保执行的合法性和公正性。

综上所述，若车主因其他债务被法院判决执行，且车辆未被抵押或抵押权人同意，法院在特定情况下可以执行仍在修理厂未付款的车辆。然而，具体执行与否还需根据法院的判决和实际情况来确定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。