工伤科，作为负责工伤保险工作的部门，在工伤认定程序中确实具有劳动关系确认权。这意味着，在具备劳动关系的相关实质要件且劳动者提供了充分证据的情况下，工伤科可以根据这些证据对劳动者与用人单位之间是否存在劳动关系进行认定。

首先，从法律角度来看，根据《劳动法》第九条和《工伤保险条例》第五条、第十八条的规定，工伤认定部门在认定是否构成工伤时，必然要对是否存在劳动关系进行审查。这一过程中，工伤科实际上在行使劳动关系确认的职权。最高人民法院和人力资源和社会保障部的相关文件也进一步肯定了这一点。

其次，工伤认定的特殊性在于其相对人是需要救助的遭受事故伤害或患职业病的职工。因此，工伤认定程序必须及时、高效、便民。如果在工伤认定中遇到劳动关系争议就要求当事人先行申请仲裁，可能会拉长解决工伤纠纷的时间，增加当事人的负担。所以，肯定工伤科的劳动关系确认权，与社会保险法的立法精神以及《工伤保险条例》的立法目的相吻合。

当然，工伤科在确认劳动关系时也需要注意一些要点。例如，要注重对劳动关系的相关实质要件进行审查，包括书面劳动合同和事实劳动关系。在事实劳动关系中，需要特别注意审查用人单位和劳动者是否具有主体资格、用人单位的各项劳动规章制度是否适用于劳动者等。同时，如果用人单位否定劳动者提出的工伤认定主张，应承担举证责任。在劳动关系不明确时，工伤科内部的具体负责部门可以请负责劳动关系的业务部门出具劳动关系是否成立的意见。

此外，也需要注意到，在特定情形下，即使不存在劳动关系，因工受伤者也能享受工伤保险待遇。例如，当建筑施工、矿山企业等用人单位将工程或经营权发包给不具备用工主体资格的组织或自然人时，对该组织或自然人招用的劳动者，由具备用工主体资格的发包方承担用工主体责任。

综上所述，工伤科在工伤认定程序中具有劳动关系确认权，并且这一权力的行使是符合法律规定和实际情况的。在确认劳动关系时，工伤科需要注重审查相关实质要件，并确保程序的及时、高效和便民。