公安机关撤回起诉后的处理方式确实较为复杂，并且必须依据具体的撤回原因以及案件的实际情况来确定。以下是对不同情形下处理方式的详细阐述：
一、因证据不足撤回起诉
当公安机关基于证据不足等法定事由而撤回起诉时，这意味着现有的证据无法确凿地证明当事人的犯罪行为。在这种情况下：
- 案件终止：通常案件会被终止，不再继续对当事人追究刑事责任。这是为了保障当事人的合法权益，避免因证据不足而对其进行不公正的定罪。
- 强制措施解除：已采取的强制措施如拘留等会被及时解除，因为强制措施的目的是为了保证诉讼程序的顺利进行，当起诉被撤回时，强制措施的依据也就不复存在。
二、因程序瑕疵撤回起诉
如果是因为程序瑕疵等原因导致撤回起诉，情况则有所不同。程序瑕疵并不影响案件的实质内容，但为了确保诉讼程序的合法性和严谨性，需要补充完善相关手续。
- 补充手续：在完成相关手续的补充和完善后，案件仍有可能重新进入诉讼程序，继续进行审理和裁决。
- 强制措施与证据保管：同样，已采取的强制措施会被解除，案件相关的证据材料也会被妥善保管，以备后续可能的重新诉讼或其他法律程序之需。
三、法律依据与司法实践
根据《刑事诉讼法》的相关规定，公安机关在侦查过程中，如果发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，并发给释放证明，同时通知原批准逮捕的人民检察院。在司法实践中，对撤回起诉后的案件通常采取以下几种处理方法：
- 检察机关作不起诉处理：如果检察机关认为案件证据不足或者不符合起诉条件，可以作出不起诉决定。
- 补充新的事实证据后重新提起公诉：在补充了新的证据或者事实后，公安机关可以重新将案件移送检察机关审查起诉，检察机关再向法院提起公诉。
- 建议公安机关撤回处理：在某些情况下，检察机关可能建议公安机关撤回案件，进行进一步侦查或者补充证据。
- 补充侦查方式退回公安机关：检察机关也可以将案件以补充侦查的方式退回公安机关，要求公安机关进行进一步侦查并补充证据。
综上所述，公安机关撤回起诉后的处理方式必须根据具体的撤回原因以及案件的实际情况来确定。在整个过程中，应确保法律程序的合法、公正进行，既保障当事人的合法权益，又维护法律的尊严和权威。