公司厂房转让协议一般一式几份，这个问题其实并没有一个固定的答案，因为它主要取决于双方当事人的具体需求和约定。不过，从一般的合同实践和法律常识来看，我们可以给出一些指导性的建议。

首先，合同通常是至少一式两份的。这是因为合同是双方当事人意思表示一致的产物，每一方都需要持有一份作为凭证和依据。这样，在合同履行过程中或者出现争议时，双方都可以方便地查阅和核对合同条款，确保自己的权益得到保障。

对于公司厂房转让这样比较重要的合同，更是需要双方当事人各自持有一份，以便在必要时进行查阅和对照。而且，除了双方当事人各持一份外，有时候还可能需要根据具体情况增加合同的份数。比如，如果涉及到银行贷款、税务申报、产权过户等事项，可能还需要向银行、税务部门、产权登记机构等提交合同副本。

因此，在实际操作中，公司厂房转让协议的份数应该根据双方当事人的具体需求和约定来确定。如果双方没有特别的约定，那么至少应该是一式两份，即转让方和受让方各执一份。如果涉及到其他相关方，比如银行、税务部门等，那么还需要根据实际需要增加合同的份数。

总的来说，公司厂房转让协议的份数并不是一个固定不变的数字，而是需要根据实际情况进行灵活调整的。在签订合同时，双方当事人应该充分沟通并协商确定合同的份数，以确保合同的合法性和有效性。