农作物种子质量纠纷田间鉴定方法与司法通则之间的关系，主要体现在以下几个方面：
一、法律依据与授权
法律依据：农作物种子质量纠纷田间鉴定方法主要依据的是农业农村部2003年以28号令形式颁布的《农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》。该办法是根据《中华人民共和国种子法》及有关法律、法规的规定制定的，为解决农作物种子质量纠纷提供了明确的程序和方法。
法律授权：该鉴定办法是国家农业农村部接受《种子法》的委托制定的，具有法律效力，是解决农作物种子质量纠纷的唯一合法鉴定办法。这意味着，在司法鉴定内容规定的四类鉴定范围以外，各级司法鉴定机构无权对种子质量纠纷进行鉴定。
二、鉴定目的与范围
鉴定目的：田间鉴定的主要目的是通过科学的判断分析，确定田间是否存在损失，以及损失的原因和程度。这有助于分清责任，为解决种子质量纠纷提供客观依据。
鉴定范围：田间鉴定适用于农作物种子在大田种植后，因种子质量或者栽培、气候等原因导致的田间出苗、植株生长、作物产量、产品品质等受到影响的情况。当双方当事人对造成事故的原因或损失程度存在分歧时，可以进行田间现场技术鉴定。
三、鉴定程序与方法
鉴定程序：田间鉴定由田间现场所在地县级以上地方人民政府农业行政主管部门所属的种子管理机构组织实施。鉴定申请可以以书面形式提出，说明鉴定的内容和理由，并提供相关材料。种子管理机构对申请人的申请进行审查，符合条件的，应当及时组织鉴定。
鉴定方法：现场鉴定由种子管理机构组织专家鉴定组进行。专家鉴定组由育种、栽培、种子管理等方面的专家组成，根据现场情况确定取样方法和鉴定步骤，并独立进行现场鉴定。鉴定过程中，专家鉴定组会充分考虑气候环境、种子处理及田间管理、同批次种子在其他地块生长情况等多种因素，以确保鉴定的科学性和公正性。
四、鉴定结果与效力
鉴定结果：专家鉴定组在事实清楚、证据确凿的基础上，根据有关种子法规、标准，依据相关的专业知识，及时作出鉴定结论。鉴定结论以专家鉴定组成员半数以上通过有效，并制作现场鉴定书交付申请人。
法律效力：该鉴定办法取得的鉴定结果具有法律效力，既可以作为民事赔偿诉讼的依据，也可以作为认定种子刑事责任中的田间损失程度认定的依据。这体现了田间鉴定在解决种子质量纠纷中的重要性和权威性。
综上所述，农作物种子质量纠纷田间鉴定方法与司法通则之间密切相关。田间鉴定方法作为解决种子质量纠纷的合法手段，其程序、方法和结果均受到法律的严格规范和保护。这有助于维护种子使用者和经营者的合法权益，促进农业生产的健康发展。