当股东不愿意注销公司时，可以采取以下措施来解决问题：

1. 依据《中华人民共和国公司法》操作：

   • 根据《公司法》的相关规定，公司可以因特定原因（如公司章程规定的营业期限届满、股东会决议解散等）而解散。若股东不愿意注销公司，但其他股东或相关利益方认为公司应当解散，可以通过法律途径寻求解决。
   • 具体地，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，在符合特定条件下（如公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，且通过其他途径不能解决），可以向人民法院提起解散公司诉讼。

2. 尝试协商解决：

   • 在采取法律手段之前，建议首先尝试通过协商解决问题。可以召集股东会议，就公司是否注销、如何分配剩余财产等问题进行讨论，并寻求共识。
   • 如果能够达成一致意见，即使有部分股东最初不愿意注销公司，也可以按照协商结果来推进注销流程。

3. 寻求司法途径：

   • 如果协商无果，且符合提起解散公司诉讼的条件，那么持有足够表决权的股东可以向人民法院提起诉讼，请求解散公司。
   • 法院在审理此类案件时，会综合考虑公司的经营状况、股东之间的合作关系、公司继续存续是否会对股东利益造成重大损失等因素，并据此作出判决。

4. 强制清算程序：

   • 如果公司通过解散诉讼被判决解散，但部分股东仍不配合办理注销手续，其他股东或债权人可以申请法院指定清算组进行强制清算。
   • 清算组将负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、处理公司未了结的业务、清缴所欠税款以及清理债权债务等工作，并最终申请注销公司登记。

5. 注意事项：

   • 在整个过程中，应确保所有操作符合《公司法》及其他相关法律法规的规定。
   • 尽量避免因注销问题导致的公司内部矛盾升级，保持与大股东的沟通，解释注销的必要性和可能带来的长期利益。
   • 若大股东担忧注销后的财务或法律问题，可提供相应的解决方案或保证，以减轻其顾虑。

综上所述，当股东不愿意注销公司时，可以通过依据《公司法》操作、尝试协商解决、寻求司法途径以及强制清算程序等方式来解决问题。如果在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。