股东垫资款的归还方式，需要根据具体的情况来确定，以下是一些常见的方法和建议：

一、按照约定执行

如果股东与公司之间存在书面协议，明确了垫资的性质、用途、还款方式和期限等，那么双方应严格按照协议来执行。这是最直接且清晰的方式，可以避免后续的纠纷和误解。

二、通过公司经营利润分配

当公司有盈利时，可以考虑将部分利润分配给股东，以归还其垫资款。这种方式需要公司财务状况良好，且有足够的利润可供分配。同时，也需要遵循公司章程或股东之间的约定。

三、公司资金回笼

通过加快公司的业务收款、资产处置等方式回笼资金，然后用于归还股东的垫资款。例如，及时催收应收账款，出售闲置的固定资产等。这种方式需要公司有良好的资金运作能力和资产管理能力。

四、股东增资

股东可以通过增加对公司的投资来归还之前的垫资款。这需要股东对公司的发展有信心，并愿意进一步投入资金。同时，也需要遵循公司章程和相关法律法规的规定。

五、协商制定还款计划

如果以上方式都不适用或无法完全解决问题，股东可以与公司协商制定具体的还款计划。这包括确定还款时间、金额和方式等，可以是分期归还也可以是一次性归还。在还款计划中，应明确各方的权利和义务，以及违约条款等。

六、法律途径

如果公司拒绝还款，并且协商无果，股东可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。例如，发函催款并保留凭证，依据《公司法》等规定查阅公司的财务账册以确认公司的资金状况，最后准备好转账记录、发票、合同等相关证据向法院起诉要求公司偿还垫资及相应的利息损失。

七、账务处理与税务问题

在处理股东垫资款时，公司应规范账务处理，将股东垫资款与公司正常的运营资金分开记录。同时，也需要关注税务问题，如垫资款被认定为借款，公司需按照规定代扣代缴利息的个人所得税。

综上所述，股东垫资款的归还方式需要根据具体情况来确定，并且应确保合法合规，避免给公司和股东带来不必要的风险。在处理过程中，建议股东与公司保持沟通，协商解决问题，并遵循相关法律法规和公司章程的规定。