工厂用制度扣钱是否违法，这并非一个绝对的判断，而是需要根据具体情况来详细分析。以下是我对此问题的全面解析：

结论前置：工厂用制度扣钱，若该制度合法且扣钱行为符合法定程序，则不违法；反之，若制度本身违法或扣钱行为未遵循法定程序，则违法。

一、合法扣钱的情形

1. 代扣代缴费用：工厂可以依法代扣代缴社保、个税等法定费用，这是法律赋予的权利和义务。

2. 经济损失赔偿：若员工因故意或重大过失给工厂造成经济损失，且工厂能提供充分证据，并遵循法定程序（如提前告知、给予陈述和申辩机会等），则可以从员工工资中扣除合理赔偿金额，但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

3. 劳动合同或厂规厂纪约定：若劳动合同或依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中明确规定了扣钱情形（如迟到、早退罚款等），且这些规定不违反法律法规，工厂可以据此执行扣钱行为。但同样需遵守扣除金额的限制规定。

二、违法扣钱的情形

1. 无合法依据扣钱：若工厂没有制定合法的规章制度，或者规章制度中未明确规定扣钱情形，就擅自扣员工工资，这是违法的。

2. 未按法定程序扣钱：即使工厂有扣钱的合法依据，但若未遵循法定程序（如未提前告知、未给予陈述和申辩机会等），也是违法的。

3. 莫须有的理由扣钱：若工厂以莫须有的理由或无故克扣员工工资，更是严重的违法行为。

三、劳动者应对工厂违法扣钱的策略

1. 与工厂协商：首先尝试与工厂沟通，要求提供扣款的具体原因和依据。若工厂无法给出合理解释或证据，劳动者可要求撤销扣款决定，恢复被扣工资。

2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门依法调查并处理。

3. 申请劳动仲裁或诉讼：若投诉仍无法解决问题，劳动者可申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，工厂用制度扣钱是否违法，关键在于制度是否合法以及扣钱行为是否遵循了法定程序。劳动者在面对此类情况时，应了解自己的权益和维权途径，积极维护自己的合法权益。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。