可以，预付款没用完并不影响申请工程款。不过，具体能否申请以及申请的流程还需根据总承包合同的具体条款以及实际工程进展情况来确定。

首先，我们要明确预付款和工程款是两个不同的概念。预付款通常是在合同签订后，为了启动工程或购买材料而提前支付的一部分款项。而工程款则是根据工程进度或完成情况，按照合同约定的支付节点来支付的款项。

在总承包合同中，一般会规定预付款的使用范围和支付节点，同时也会规定工程款的支付条件和流程。如果预付款在使用过程中有剩余，这并不意味着就不能再申请工程款。因为工程款的支付是依据工程实际进展和合同约定的支付节点来进行的，与预付款的使用情况没有直接关联。

当然，在实际操作中，如果预付款有剩余，可能需要与发包方或监理方进行沟通，说明预付款的使用情况，并协商后续工程款的支付计划。这主要是为了确保工程的顺利进行，并避免因资金问题而导致的工程延误或纠纷。

总之，预付款没用完并不影响申请工程款，但具体能否申请以及申请的流程还需根据总承包合同的具体条款和实际工程进展情况来确定。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。