不会，有婚姻财产协议归女方所有的财产，在男方判刑的情况下，一般不会被执行女方财产。下面我来详细解释一下：

首先，我们要明确婚姻财产协议的法律效力。婚姻财产协议，是夫妻双方在平等自愿的基础上，对婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的归属、管理、使用、收益、处分等作出的约定。这份协议一旦签订并生效，就对双方具有法律约束力。

接下来，我们分析男方判刑对财产执行的影响。男方因犯罪被判刑，其个人财产可能会因刑事判决而被执行，用于赔偿被害人损失或缴纳罚金等。但这里的关键是，被执行的财产必须是男方的个人财产，或者是男方与女方共有的财产中男方应得的份额。

现在，我们结合婚姻财产协议来看。既然协议已经明确约定某些财产归女方所有，那么这些财产就不属于男方的个人财产，也不是男方与女方共有的财产中男方应得的份额。因此，在男方判刑的情况下，这些财产不会被执行来用于赔偿被害人损失或缴纳罚金等。

综上所述，有婚姻财产协议归女方所有的财产，在男方判刑的情况下，一般不会被执行女方财产。当然，如果协议存在无效或可撤销的情况，或者男方与女方之间存在其他复杂的财产关系，那么具体执行时可能会涉及更多的法律问题。如果您有这方面的疑问或担忧，建议您及时咨询专业律师，以便得到更准确的法律意见和帮助。