店铺凌晨有人偷进去是违法的。

从法律角度来看，偷偷进入店铺的行为，无论发生在何时，都可能构成违法。具体来说：

1. 侵犯财产权：店铺作为经营场所，其内部财物受到法律保护。未经允许擅自进入并可能窃取财物的行为，直接侵犯了店铺所有者的财产权。

2. 非法侵入：在刑法上，非法侵入他人住宅或其他场所（包括店铺）可能构成犯罪。虽然店铺并非严格意义上的“住宅”，但作为相对封闭的私人空间，未经允许进入同样可能触犯法律。

3. 治安管理处罚：即使未构成刑事犯罪，偷偷进入店铺的行为也可能违反治安管理法规，受到相应的行政处罚。

综上所述，店铺凌晨有人偷进去是违法的，不仅侵犯了店铺所有者的合法权益，还可能触犯刑法或治安管理法规。如果店铺所有者发现此类情况，应及时报警并寻求法律帮助。