醉驾后检察院免于起诉是不会有刑事案底的。下面我为您详细解释：

1. 案底的含义：

   • 案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度。在我国法律中，通常指有过刑事犯罪前科的档案记录，该犯罪档案一般存放于公安相关部门。

2. 醉驾不起诉的法律后果：

   • 醉驾案件中，若检察院决定不起诉，即代表对行为人追究刑事责任的放弃，行为人因此不会被判定有罪，也就不会留下刑事案底。
   • 不起诉决定通常基于犯罪情节轻微、不构成犯罪或无需追究刑事责任等情形。

3. 不起诉决定的适用范围：

   • 情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的；
   • 犯罪已过追诉时效期限的；
   • 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
   • 犯罪嫌疑人死亡的；
   • 其他法律规定免予追究刑事责任的。

4. 醉驾的行政处罚：

   • 虽然醉驾不起诉不会留下刑事案底，但行为人因醉驾违反了《道路交通安全法》，会面临行政处罚，如吊销机动车驾驶证、罚款等。
   • 这些行政处罚记录虽然不同于刑事案底，但也是一种不良记录，会对行为人的未来产生一定影响。

综上所述，醉驾后检察院免于起诉，行为人是不会有刑事案底的。但需要注意的是，醉驾行为本身仍属于违法行为，会面临相应的行政处罚。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。