检察院不起诉、案子撤销后，不会留下案底。以下是具体的法律分析：

一. 不起诉和撤销案件的法律效果

• 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。这意味着，一旦检察院决定不起诉或案件被撤销，从法律上而言，该案件就视为没有发生过，犯罪嫌疑人不会被视为有罪。

二. 案底的含义及影响

• “案底”通常指的是一个人在法律上的犯罪记录。如果案件被撤销或检察院不起诉，那么该案件就不会进入审判程序，也就不会产生犯罪记录，即不会留下案底。
• 没有案底意味着，在法律上，该人没有因该案件而受到过任何刑事指控或判决，这对其未来的生活、工作等都不会产生负面影响。

三. 检察院不起诉后的处理

• 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条，人民检察院决定不起诉的案件，还会对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。这进一步说明了案件被撤销或不起诉后的法律效果，即案件的所有法律程序都会终止。

综上所述，检察院不起诉、案子撤销后，不会留下案底。该案件在法律上视为没有发生过，犯罪嫌疑人不会被视为有罪，也不会因此受到任何法律上的负面影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。