针对“工程虚开发票3万如何惩罚”的问题，以下是根据相关法律和常规处理流程给出的详细解答：

一、法律定性

虚开普通发票3万元，已达到情节严重的标准。依据我国相关法律，如《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，以及相关的刑事处罚规定，此行为已构成违法，并可能触及刑事责任。

二、行政处罚

1. 没收违法所得：税务机关会对虚开发票所获得的违法收入予以没收，从根源上杜绝违法获利。
2. 罚款：税务机关可以对其并处1万元以上5万元以下的罚款。罚款金额会根据具体情况确定，目的是起到惩戒作用。

三、刑事处罚

若该行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。一般情况下，可能面临的处罚包括：

1. 有期徒刑、拘役或管制：处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。
2. 加重处罚：若情节特别严重，会处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
3. 单位犯罪：如果是单位犯此罪，不仅要对单位判处罚金，还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，按照上述个人犯罪的规定进行处罚。

四、其他影响

除了直接的法律处罚外，虚开发票还可能对个人的信用记录产生负面影响。一旦失信，可能会影响到个人的贷款申请、商业合作等方面，造成长期的不利影响。

五、建议与提醒

1. 合规经营：建议企业和个人在经营活动中严格遵守税法及相关法律法规，确保发票的真实性和合法性。
2. 加强内控：企业应建立健全的内部控制体系，加强对财务和发票管理的监督，防止类似违法行为的发生。
3. 及时咨询：对于发票管理、税法等方面的疑问，建议及时咨询专业的税务顾问或律师，以确保合规经营。

综上所述，虚开普通发票3万元是一项严重的违法行为，将面临严厉的法律处罚。因此，建议企业和个人在经营活动中务必遵守相关法律法规，确保合规经营。