对于已经退休的国有企业管理人员若有违法行为，应依据相关法律法规和政策规定进行处理。以下是对此问题的详细解答：
一、立案调查与管辖
立案程序的启动：
- 无论退休前后，只要存在违纪违法行为，均可进行立案。
- 对于中共党员，由于纪律审查没有追究时效限制，可以进行党纪立案。
- 对于非中共党员，依据《监察法》和《政务处分法》的相关规定，监察机关可以立案调查，并不因其退休而不能管辖。
立案主体的确定：
- 公职人员不因退休而改变原干部管理权限，立案应根据办理退休手续时的干部管理权限确定立案主体。
- 需注意公职人员退休后因党组织关系转移导致与干部管理权限相分离的情况，此时应依据党组织隶属关系和违纪行为发生地等因素确定管辖权。
二、处分与执行
处分种类的适用：
- 对于应给予警告、记过、记大过处分的，由于这些处分不对行为人级别、职务、职级或工资档次等产生影响，因此一般不建议立案，可通过谈话提醒、批评教育等方式处理。
- 对于应给予降级、撤职、开除处分的，或涉嫌职务犯罪的，需进行政务立案，并按照规定相应调整其享受的待遇。
退休待遇的调整：
- 退休公职人员因违纪违法行为受到处分的，其退休待遇需按规定进行调整。
- 调整方式可能包括在党纪处分决定文书中直接表述、单独作出调整退休待遇的决定、或书面通知同级党委组织部门和所在单位按程序予以落实等。
违法财物的处理：
- 对于退休公职人员违法取得的财物和用于违法行为的本人财物，应依法进行没收、追缴或责令退赔，并依法上缴国库或退还原所有人。
三、特殊情形的处理
- 对于已经离职或死亡的公职人员在履职期间有违法行为的，也应按照上述规定进行处理，即可以立案调查，但不再给予政务处分，而是依法调整其享受的待遇（如有）和处理违法财物。
综上所述，对于已经退休的国有企业管理人员若有违法行为，应依法进行立案调查，并根据调查结果给予相应的处理。处理过程中需严格遵守相关法律法规和政策规定，确保处理的公正性和合法性。