商铺被水淹后，损失赔偿的责任归属和申请流程是较为复杂的问题，需要根据具体情况来确定。以下是我为您详细梳理的赔偿申请指南：

一、明确结论

商铺被水淹，首要任务是确定水淹原因及责任主体，并据此收集证据，合理计算损失，通过协商或法律途径申请赔偿。

二、具体分析与建议

1. 自然因素导致的水淹：

   • 如因暴雨等不可抗力导致，通常出租方不承担责任。但如果您已购买商业保险，且保险覆盖自然灾害损失，您可以向保险公司提出索赔申请。
   • 索赔时，需提交保险理赔申请，配合保险公司评估，确保获得应得赔偿。

2. 物业责任导致的水淹：

   • 如因物业管理方疏忽（如排水系统维护不当）导致水淹，物业管理方需承担相应责任，包括房屋损失、修复费用及误工费等。
   • 您可向物业提交赔偿申请书，附带详细损失清单及证据材料，尝试通过协商解决。协商不成，可依法提起诉讼。

3. 市政责任导致的水淹：

   • 如因市政排水设施故障造成的水淹，责任主体为市政管理部门。
   • 您可向政府相关部门提出赔偿申请，了解当地补助政策并按流程申请。

4. 相邻业主/商铺责任导致的水淹：

   • 如因楼上漏水、相邻商铺用水不当等情况导致水淹，相关责任人需负责赔偿。
   • 您可与责任人协商赔偿事宜，协商不成，可依法提起诉讼。

5. 合同约定：

   • 如租赁合同中有明确责任划分的，按约定执行。

三、全面收集证据

无论哪种情况，全面收集证据都是至关重要的。您应拍摄现场照片，记录水位线，详细展示受损情况；列出受损物品名称、数量、价值，附上购买发票、维修报价单等证明文件；向物业、消防、街道办等部门报备，获取官方证明材料；保留与责任方的沟通记录，作为后续协商或诉讼的依据。

四、准确计算损失

损失计算应包括财产损失（如存货损失、设备设施损坏等）和经营损失（如停业期间的营业收入损失、清洁、消毒、维修费用、员工工资、租金等固定成本）。您可根据进货单据、销售记录、专业评估报告等来计算损失。

五、注意事项

• 及时行动：水淹后立即采取行动，避免证据丢失或损失扩大。
• 专业咨询：在整个过程中，如有需要，您可随时向我咨询具体的法律建议和指导。
• 保留证据：务必妥善保管所有证据材料，以备不时之需。

综上所述，商铺被水淹后的赔偿申请需综合考虑多方面因素。通过明确责任主体、全面收集证据、准确计算损失，并采取有效的申请策略，您可以更好地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时联系我。