建设工程施工合同通常不能申请指定管辖。在我国，建设工程施工合同纠纷的管辖一般遵循专属管辖的原则，即由不动产所在地人民法院管辖。这是因为建设工程施工合同与不动产（如建筑物、构筑物等）紧密相关，由不动产所在地法院管辖便于案件的审理和执行。

具体来说，根据相关法律法规和司法解释，建设工程施工合同纠纷应当按照基础法律关系来确定管辖。也就是说，如果合同双方因施工合同的履行发生争议，应当依据施工合同中的约定或者法律规定的管辖原则来确定管辖法院，而不是通过申请指定管辖来改变管辖法院。

当然，也有一些特殊情况可能会涉及到管辖权的转移或者指定管辖，但这通常是在特定情况下由法律明确规定或者由上级法院根据实际情况作出决定的。因此，在一般情况下，建设工程施工合同不能申请指定管辖。

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