车辆超限运输后，即使车辆停运3个月，超限站仍然有权进行处罚。以下是对这一结论的详细解释：

一、法律依据

根据《中华人民共和国道路交通安全法》和《中华人民共和国公路法》的相关规定，对于超限超载的车辆，公安机关交通管理部门或交通主管部门有权进行查处，并依据相关法律法规作出处罚决定。这些法律条款并未规定车辆停运一段时间后可以免除处罚。

二、处罚流程与标准

超限超载的处罚流程包括查处、扣留与卸载、处罚决定、罚款缴纳以及异议处理等环节。具体的处罚标准可能因地区或具体政策而有所差异，但通常会根据超限的百分比来划分处罚等级。无论车辆是否停运，只要存在超限超载行为，且被执法部门查处，就需要按照相关法律法规接受处罚。

三、停运对处罚的影响

车辆停运3个月并不会影响超限站对超限运输行为的处罚。因为处罚是基于车辆超限超载的事实，而不是基于车辆是否停运。即使车辆停运，超限站仍然有权对之前的超限运输行为进行处罚。

四、建议与提醒

1. 遵守法律法规：运输单位和驾驶员应严格遵守相关法律法规，确保车辆不超限超载，以避免不必要的处罚。
2. 及时处理：如果车辆被查处存在超限超载行为，应积极配合执法部门进行处理，包括扣留、卸载、缴纳罚款等，以减轻处罚后果。
3. 法律咨询：如果对处罚决定有异议或需要进一步的法律咨询，可以及时向专业律师寻求帮助。

综上所述，车辆超限运输后，即使车辆停运3个月，超限站仍然有权进行处罚。因此，运输单位和驾驶员应严格遵守相关法律法规，确保运输安全合规。