在个人所得税APP上进行综合所得年度汇算时，申报更正和作废的次数是有限制的。具体来说，年度汇算期间，纳税人每月可更正和作废的次数只有5次。当您进行更正或作废操作后，系统会提示您剩余的次数。如果超过了5次限制，您仍需要更正或作废申报的话，那么就需要前往主管税务机关的办税服务厅进行办理。

因此，在进行更正或作废操作时，建议您谨慎考虑，并确保操作的准确性，以避免不必要的麻烦。同时，如果您在操作过程中有任何疑问或困难，可以随时咨询税务机关或专业人士的意见和帮助。