个人所得税代扣代缴滞纳金的计算方式是根据《征管法》的规定来进行的。具体来说，如果纳税人或扣缴义务人未按照规定期限缴纳或解缴税款，税务机关除了责令限期缴纳外，还会从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。

这里的“滞纳税款”指的是应纳税额中未按时缴纳的部分。而“按日加收”则意味着，从滞纳税款的第一天开始，每一天都会按照未缴纳税款的万分之五来计算滞纳金，直到税款全部缴纳完毕为止。

为了更清晰地理解，我们可以举一个简单的例子：

假设某纳税人应缴纳个人所得税10000元，但未在规定的期限内缴纳。那么，从滞纳税款的第一天开始，他每天都需要支付10000元*0.05%=5元的滞纳金。如果他在滞纳税款后的第10天缴纳了税款，那么他需要支付的滞纳金就是5元/天*10天=50元。

需要注意的是，滞纳金是税务机关对未按时缴纳税款的一种惩罚性措施，因此纳税人应尽量避免滞纳税款，以免产生不必要的滞纳金支出。同时，如果确实因为某些原因无法按时缴纳税款，也应尽快与税务机关沟通并申请延期缴纳，以减少滞纳金的产生。