交通意外一般情况下是不可以通过农村合作医疗（新农合）进行报销的。这是因为交通意外通常属于第三方责任，即应由肇事方承担的医疗费用，并不在新农合的报销范围之内。

不过，也有特殊情况。在肇事方不支付医疗费用或者无法确定肇事者身份的情况下，新农合基金可以按规定比例先行支付受害者的医疗费用。但这一支付是临时的，新农合基金在先行支付后，有权向实际责任人进行追偿，以确保基金的良性循环和合理使用。

此外，还有一些情况也是新农合不予报销的，包括但不限于：

1. 应当由公共卫生负担的医疗费用；
2. 应当从工伤保险基金中支付的医疗费用；
3. 因故意犯罪、酗酒、吸毒、自杀、自残、斗殴等造成的医疗费用；
4. 在境外就医的医疗费用；
5. 超出新农合报销基本药物目录、基本诊疗项目和医疗服务设施目录范围的医疗费用。

综上所述，新农合基金在报销医疗费用时有一系列严格的规定。在遭遇交通意外时，建议首先明确责任方，并尽量向责任方索赔。如果确实存在困难，可以咨询当地的新农合管理部门，了解具体的报销政策和流程。