当您的子女从高中阶段升入大学时，在填报个人所得税的子女教育专项附加扣除时，需要特别注意以下几个步骤和要点：

首先，要明确的是，根据《个人所得税专项附加扣除暂行办法》，纳税人的子女接受全日制学历教育的相关支出，包括高中阶段教育和高等教育，都是可以按照每个子女每月1000元的标准定额扣除的。因此，在您的子女从高中升入大学的这段时间内，您仍然可以享受这项扣除。

针对您子女6月高中毕业，9月上大学的具体情况，您在填报时应该这样做：

1. 更新高中阶段教育信息：

   • 在个人所得税APP中，找到您之前填写的高中阶段教育信息。
   • 将高中阶段的受教育结束时间更新为6月（或实际毕业月份，以毕业证书为准）。

2. 新增高等教育阶段信息：

   • 在同一APP中，选择新增一条子女教育信息。
   • 填写高等教育阶段的相关信息，包括学校名称、教育阶段（选择“高等教育”）、受教育开始时间（9月）等。
   • 注意，新增加信息的开始时间和原有信息的结束时间应保持连续，以确保扣除的连续性。

3. 设置扣除比例和申报方式：

   • 根据您的实际情况，选择扣除比例（如与配偶平均扣除则选50%，自己全额扣除则选100%）。
   • 选择申报方式，您可以选择“通过扣缴义务人申报”以按月享受工资税前扣除，或者选择“综合所得年度自行申报”在次年汇算清缴时一次性享受。

最后，需要强调的是，跨教育阶段填报子女教育专项附加扣除信息时，务必确保信息的准确性和连续性。如果您在填报过程中遇到任何问题或疑问，建议咨询当地税务部门或专业人士以获取更详细的指导和帮助。

希望这些解答能够帮助您正确填报个人所得税的子女教育专项附加扣除信息。