交通预付卡发票通常是可以作为报销凭证的。以下是对这一问题的详细解答：

一、政策法规依据

根据国家相关法规，发票是单位和个人在购销商品、提供或接受劳务时，因故不能即时支付报酬所开出的书面凭证。预付卡发票，作为发票的一种，自然符合这一法规要求。同时，制度规定也明确指出，预付卡消费后，消费者有权索要发票，并可将此作为报销凭证。

二、实际操作与认可情况

在实际操作中，许多企业和单位都认可预付卡发票作为报销凭证。这是因为预付卡发票与普通发票在开具、使用和审核方面没有本质区别，同样具有法律效力。对于企业而言，预付卡发票可以作为企业费用支出的凭证，有助于合理避税和财务核算。

三、风险控制与注意事项

尽管预付卡发票可以作为报销凭证，但在实际操作中仍需注意以下风险和控制措施：

1. 加强审核：预付卡消费存在一定的不透明性，因此应加强对预付卡发票的审核，确保费用的合理性和合规性。
2. 防止腐败：由于预付卡消费的便利性，容易滋生腐败现象。企业和单位应建立健全的内部控制制度，加强对预付卡使用的监督和管理。
3. 保留凭证：消费者在购买预付卡时，应保留好相关发票和凭证，以便在需要报销时能够提供有效凭证。

四、特殊情况说明

对于公交卡充值预付卡发票的报销问题，可能因地区和企业政策的不同而有所差异。有些企业可能会以“预付卡发票不得报销”为由禁止报销，但这并不代表所有企业都遵循这一规定。因此，在具体报销时，建议参照企业管理制度的相关规定，并咨询企业财务部门的意见。

综上所述，交通预付卡发票通常是可以作为报销凭证的。但在实际操作中，应加强对预付卡发票的审核和管理，确保费用的合理性和合规性。同时，消费者在购买预付卡时也应保留好相关发票和凭证，以便在需要时提供有效凭证。